HPV病毒預防性疫苗作用機制的前提是，人體還未被HPV病毒感染。高危型HPV病毒，只有形成蛋白外殼的病毒粒子，才對宿主細胞具有侵襲力。換句話說，入侵人體宿主細胞的高危型HPV病毒，雖然目前仍不清楚是由游離的還是封閉在脫落的鱗狀上皮細胞內的病毒，但是該病毒為完整的病毒顆粒，是“活動性感染”（Active Infection）模式。人體注射HPV病毒疫苗后，如HPV病毒粒子感染細胞，中和抗體必須在自然的感染部位-粘膜起作用，此時入侵的高危型HPV病毒還沒有機會形成“潛伏性感染”，病毒DNA也就沒有機會與宿主細胞核DNA（基因組）整合，不會產生“免疫逃逸”，因此來犯病毒即被抗體介導的“中和反應”所全部清除，形成保護。