目前臨床上普遍應用的都屬于HPV病毒DNA檢測技術。只要是宿主細胞被高危型HPV病毒感染（無論是“活動性感染”還是“潛伏性感染”，或兼而有之）均有病毒DNA存在，因此可采用檢測病毒DNA技術進行檢測。

        但從治療高危型HPV病毒感染的角度評估，HPV病毒“活動性感染”和“潛伏性感染”是兩個不同的概念。在致病機制上，HPV病毒“活動性感染”是病毒感染宿主細胞的主要形式，而“潛伏性”感染是病毒持續性感染的一種基本方式，其能引發宮頸癌的發生。從病毒形態和基因結構上，“活動性感染”的HPV病毒含有病毒DNA（E）和外殼蛋白（L）；而“潛伏性感染”的病毒只含有病毒DNA（E）無病毒外殼蛋白（L）。

        分析臨床干預和治療高危型HPV病毒感染的藥物作用機制，抗病毒藥物直接殺滅病毒主要是針對HPV病毒粒子（活動性感染），而對潛伏性感染，由于HPV病毒DNA是以鑲嵌的方式與宿主DNA整合，只有依賴機體的細胞免疫機制來清除被感染細胞，進而達到清除潛伏性感染的目的。因此，HPV病毒“活動感染”轉陰和病毒載量消長及“潛伏感染”病毒滴度的變化，能科學的指導臨床治療。

        美國Advanced Medical Science公司的CytoReact細胞/組織人乳頭瘤病毒（HPV L1）染色試劑盒能檢測宮頸細胞組織中是否存在L1蛋白。只要病毒特異性蛋白存在，即表明HPV病毒活動性感染仍在繼續，以此能及時為臨床提供高危型HPV病毒“活動感染”變化的情況，對臨床用藥起到重要的參考作用。